Durante el Período Sengoku, solía haber muchos grupos ninja en Japón. Los pueblos Iga y Koga eran especialmente famosos como ninjas mercenarios.
Como el Igamono (pueblo Iga) ayudó a Tokugawa Ieyasu a atravesar las montañas Iga para ponerse a salvo, el Shogunato Tokugawa los empleó oficialmente como samurai después de que Ieyasu unificó el país y recibió el título de Shogun del emperador de la época. El Igamono asumió los deberes de agentes encubiertos y espías, junto con otros samurais sin antecedentes shinobi. Eran los retenedores de los samurai del shogun, y se los llamó los agentes secretos del shogunato Tokugawa «Kohgi Onmitsu （公 儀 隠 密). Nuestros antepasados fueron shinobi-samurai (ninshi 忍 士), onmitsu de los Tokugawas. Eran diferentes del shinobinomono (aquellos que no pertenecían a la clase de samurai) de la época de los Estados Combatientes, al igual que su mentalidad. Recibir educación de la escuela gubernamental de Shoheiko significó mucho para el shinobi samurai. Estudiaron mucho.
Nakane Masanori, inspector general del shogunato, organizó una organización encubierta perteneciente al gobierno a principios del siglo XVII. Alrededor de ese tiempo se estableció el código de samurai («shido» no «bushido»), y se formaron las ideas de shinobi-samurai. Los pensamientos del shinobi-samurai se centraron en la «armonía» de la sociedad, donde las personas de diferentes culturas viven en paz y prosperan juntas. Los Onmitsushu (agentes) estaban formados por todo tipo de personas, no solo Igamono y Kokamono, sino Oniwaban de Kishu y otros samuraishu que trabajaban como agentes de inteligencia y policía secreta. Son los samurai de todo tipo de escuelas, tradiciones y regiones, pero compartieron el mismo ideal y trabajaron por las causas comunes: el mantenimiento de la paz en el país y la prosperidad de las sociedades. Esta es una de las razones por las que el shogunato Tokugawa podría durar 265 año.
El onmitsu de la orden shinobi samurai
Queremos seguir el ejemplo de nuestros antepasados a escala transnacional. Pero convertirnos en un «onmitsu (shinobi samurai)» no es nuestro objetivo. Nuestro propósito es ayudar a realizar y mantener la amistad internacional. Por eso nos convertimos en un onmitsu de esta orden. Los ninjutsu del Período Sengoku fueron principalmente tonjutsu (arte de escapar) y de supervivencia, pero el ninjutsu para el onmitsu es johjutsu (情 術：arte de la comunicación, técnicas psicológicas). Los onmitsu se aseguran de que no se noten cuando trabajan para lograr la armonía en una situación dada en vista de la amistad internacional. Vamos a presentar nuestras ideas a nuestros nuevos miembros. Cuando tenemos personas de diferentes orígenes, necesitamos conocernos y hacer esfuerzos para compartir la misma mentalidad y valores. Construiremos relaciones de confianza entre nosotros. Por lo tanto, les pedimos a nuestros miembros que informen sobre los lugares de interés en su país. Cuando leemos un informe, podemos conocer un poco mejor al colaborador. Después de completar ciertos números de informes, el shinobi correspondiente avanza a un rango más alto de onmitsu. Luego le pedimos a la persona que incluya información particular en sus siguientes informes. No hablamos mucho de artes marciales, ya que el entrenamiento en artes marciales no hace que el practicantte se convierte a un onmitsu. El entrenamiento en artes marciales es una de las formas de llegar a Ku (no ser uno mismo). También hay muchos otros caminos para llegar allí. Un vendedor ambulante o un autoestopista pueden ser excelentes agentes de inteligencia sin tanto conocimiento de artes marciales. Se puede recomendar entrenamiento en defensa personal. Somos miembros son los onmitsu, y contribuimos a la sociedad al proporcionar información que puede interesar al público en general. Los shinobi activos que pueden recopilar y analizar información son nuestros tesoros.
Por supuesto, hay otros tipos de shinobi que simplemente se entrenan o instruyen a los estudiantes, etc. en nuestra orden. Esos están apoyando a los shinobi activos que recopilan información, ya que tenemos divisiones de trabajo.
En este centro de investigación, se espera que todos presenten al menos un informe al año.