El clan actual está formado por una serie de familias y personas que han establecido estrechas relaciones de confianza con la familia Shibata de la provincia de Musashi.
El clan comenzó a desarrollarse cuando dos familias shinobi-samurai, los shibatas y los nagamochis se hicieron parientes a través de matrimonios y adopciones de hijos e hijas. Ambas familias siguieron a Ieyasu Tokugawa, quien fundó el shogunato Tokugawa (o Edo).

Se remonta a 1581 (Tensho 9). Ese es el año en que tuvo lugar Tensho Iga no Ran (天正 伊 賀 の 乱; el Asedio de Iga en la era de Tensho). Fue una batalla devastadora, que involucró a la familia Oda y los ninjas Iga. Muchas fuerzas de Iga, incluidas mujeres y niños, fueron aniquiladas por las fuerzas de Oda. Solo unos pocos ninjas de Iga tuvieron la suerte de escapar a Mikawa, donde gobernaba un señor llamado Tokugawa Ieyasu. Aunque Ieyasu era un aliado de Oda Nobunaga, ocultó al Igamono (pueblo Iga).Al año siguiente, 1582, Oda Nobunaga se suicidó en el incidente de Honnoji bajo los ataques de las fuerzas de Akechi Mitsuhide. En ese momento sucedió que Ieyasu estaba haciendo turismo en una ciudad llamada Sakai y llegó a saber que él sería el próximo objetivo. Decidió regresar a su ciudad natal, Okazaki, pasando por varias regiones y las montañas de Iga. Uno de los criados de Ieyasu era un shinobi-samurai Hattori Hanzo. Pidió a los ninjas de Iga y Koka que ayudaran a su señor.Nuestros antepasados ​​estaban entre aquellos Igamono para proteger y escoltar a Ieyasu a un lugar seguro. Lo hicieron a cambio de la amabilidad de Ieyasu. Ieyasu confió en los ninjas de Iga y Koka y comenzó a usar sus servicios. En 1603 el país fue unificado por Ieyasu, y los Shibatas y los Nagamochis se convirtieron en retenedores de Tokugawa Ieyasu. Sirvieron al shogunato Tokugawa durante 265 años como agentes de inteligencia llamados “Metsuke (inspectores)” y “Onmitsu (agente encubierto).

Del clan, el más notable fue Shibata Sadataro Takenaka, quien se convirtió en enviado a Europa para recopilar información e hizo los arreglos para que la primera misión militar francesa llegara a Japón para entrenar a los soldados del shogunato en la guerra occidental. Cuando terminó el contrato, la mayoría de los franceses regresaron. Pero había un capitán, llamado Jules Brunet. Permaneció en Japón para luchar con el “Último Samurai” Enomoto Takeaki, convirtiéndose así en el modelo del oficial interpretado por Tom Cruise en la película.

En 1868 el clan se independizó y formó una orden de shinobi. El clan se ha convertido en un pequeño grupo de expertos y comenzó a ofrecer servicios como seminarios y experiencias para presentar las culturas ninja y samurai del Clan Shibata desde 2005.